Tại đây, tỉnh nghiêm cấm hoàn toàn các hoạt động kinh tế làm ảnh hưởng đến nguồn lợi thủy sản tự nhiên và môi trường thủy sinh, bao gồm khai thác, nuôi trồng thủy sản, chăn thả gia cầm, trâu, bò và các động vật khác; xây dựng các công trình sản xuất (kể cả công trình nhà ở).
Bên cạnh đó, các hoạt động có điều kiện khác như khai thác thủy sản để nghiên cứu khoa học và hoạt động tiêu diệt thủy sản địch họa trong khu bảo vệ phải có giấy phép của Chi cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi Thuỷ sản của tỉnh theo quy định pháp luật.
Hoạt động giao thông thủy, không được dừng tàu thuyền trong khu bảo vệ; hoạt động du lịch sinh thái được phép khi có sự tham gia và giám sát của cộng đồng ngư dân địa phương.
Đến nay, trên hệ đầm phá Tam Giang-Cầu Hai đã có 8 khu bảo vệ thủy sản với tổng diện tích hơn 250 ha. Chi cục khai thác và bảo vệ thủy sản tỉnh Thừa Thiên-Huế cho biết, tại các khu khoanh vùng bảo vệ này, các địa phương trong vùng đã trồng 5.000 cây tra; thả 12.400 con tôm sú giống, 14.860 con cá dìa giống để tái tạo nguồn lợi thủy sản; thả 50 rạn nhân tạo bằng chất liệu cứng, tạo sinh cảnh, nơi cư trú của các loài thủy sinh vật.
Việc xây dựng các khu bảo vệ thủy sản trên đầm phá Tam Giang vì vậy không chỉ giúp ngư dân có thêm thu nhập từ hoạt động khai thác các nguồn lợi thủy sản, mà còn nâng cao ý thức bảo tồn đa dạng sinh học.
Nổi bật tại khu bảo vệ thủy sản Cồn Cát, xã Điền Hải (Phong Điền), sản lượng khai thác cá dìa (phổ biến tại đầm phá Tam Giang-Cầu Hai) đạt kỷ lục hơn ba tấn, đây cũng là lần đầu sản lượng cá dìa cao như vậy.
Tại khu bảo vệ thủy sản Doi Chỏi, xã Phú Diên (Phú Vang), rau câu, rong lá vã, cỏ hẹ đang phát triển trở lại; lượng tôm đất khai thác tăng gấp 1,2 lần so với trước đây; nguồn lợi cá dìa vào vụ khai thác (từ tháng 7 đến tháng 9) tăng gấp 5 lần so với trước khi thành lập khu bảo tồn.
Tại khu bảo vệ thủy sản Đập Tây-Chùa Ma, nguồn lợi cá tôm như cá mú, cá hồng lớn, bé xuất hiện trong khu vực được phép khai thác nhiều hơn. Nhất là từ tháng 7 đến tháng 9, lượng cá khai thác tăng gấp hàng chục lần so với những năm trước, mang lại hiệu quả kinh tế đáng kể cho người dân trong vùng.
Hệ đầm phá Tam Giang-Cầu Hai được xác lập kỷ lục lớn nhất Việt Nam, có diện tích mặt nước 21.600 ha, chiếm 48,2% tổng số diện tích mặt nước các đầm phá ven bờ Việt Nam.
Đây là nơi giàu tài nguyên động, thực vật, được đánh giá là phong phú nhất ở khu vực Đông Nam Á, với 230 loài cá, tôm (trong đó có 30 loại tôm, cá có giá trị kinh tế), chiếm 1/3 sản lượng khai thác hằng năm của địa phương.
Đầm phá Tam Giang-Cầu Hai còn có 63 loài động vật đáy, 43 loài rong, 70 loại chim, 15 loại cò biển, 171 loài phù du thực vật, 37 loại phù du động vật../.